Експонатите в музея са разпределени условно на три. В "Черноморец - хилядолетно начало", гостите могат да видят артефакти на повече от 26 века. Как се преплитат различните култури и как те са оставили своя отпечатък върху живота на древните хора, можете да видите в експозицията "Бургаският залив - кръстопът на цивилизации".
Третата експозиция е посветена на живота и бита на хората, живели по тези земи. Музеят е построен с европейски средства, а стойността на проекта е 760 хил. лв. Тук са представени всички находки, открити от археолозите, правили проучвания в Черноморец. Последните открития от наземните и подводните разкопки на нос Акин също са част от експозицията на новия музей.
